После апгрейда до 4.2.98 обнаружилось, что kwin не запускается при старте KDE4. Приходится запускать его руками. KDEWM не установлена, по идее startkde должен отрабатывать все сам. Вижу, что теперь бинарники лежат в /usr/lib/kde4/bin. Поломались маршруты?
Должно быть исправлено.
Разве что с видеокартой сейчас может быть проблема. В любом случае, эффекты по умолчанию отключены теперь.