http://lists.altlinux.org/pipermail/sisyphus/2009-December/344292.html Загрузчик ставится в MBR диска, а ищется на raid-устройстве...
предлагаемое решение: в detectliloboot.sh смотреть на значение raid-extra-boot и пытаться перехитрить lilo, выдавать то устройство, куда загрузчик реально ставится: http://git.altlinux.org/people/slazav/packages/?p=bootloader-utils.git;a=commit;h=feef276356389e209772ac32686abd59c1b74b36
исправлено в bootloader-utils-0.4.5-alt1