php5-gd2 зависит от libXpm, и тянет на веб-сервер части Иксов. Если кому-то нужна поддержка xpm (в чём сомневаюсь), то можно пойти по методу Debian - они собирают -xpm и -noxpm пакеты.
php5-gd2-5.2.12.20091216-alt3 -> sisyphus: * Sat Jan 30 2010 Anton Farygin <rider@altlinux> 5.2.12.20091216-alt3 - disabled xpm support (closes #22622) - rebuild with new php build
Спасибо. Больше libXpm не тянет.