В исходнике rxvt-unicode лежит патч для поддержки 256 цветов: doc/urxvt-8.2-256color.patch почему бы при сборке его не применять? ведь 88 цветов вызывает визуальную уродливость при использовании 256-цветных схем в vim, а rxvt+screen+vim вообще лажают (screen при этом вообще устанавливает 8 цветов)
Исправлено в rxvt-unicode-9.07-alt1