php5-5.3.3.20100722-alt1 Модули php5-mysqli и php5-pdo_mysql собраны с библиотекой libmysqlclient.so.15, при этом модуль php5-mysql собран с libmysqlclient_r.so.15. Эти библиотеки экспортируют символы с одинаковыми именами и не могут быть использованы в одном процессе. Нужно определиться, какой вариант будет использоваться в php (точнее, даже в apache в целом, если применяется mod_php5; тут кое-что тоже сломано - libaprutil1-mysql собирается с libmysqlclient_r, а apache2-mod_vdbh и apache2-mod_auth_mysql - с libmysqlclient).
См. тж. http://patch-tracker.debian.org/patch/series/view/php5/5.3.2-2/force_libmysqlclient_r.patch и по ссылке оттуда
Материал для размышления: http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=469081 - в Debian стали собирать все модули php с libmysqlclient_r для совместимости с aprutil; правда, похоже, там всё кончилось http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=450535 - в результате все пакеты там собираются с libmysqlclient_r. А вот вариант решения проблемы через изменение версионирования (что привело бы к возможности независимого сосуществования libmysqlclient и libmysqlclient_r в одном процессе) так и лежит без движения: http://bugs.mysql.com/bug.php?id=32196
php5-mysqli-5.3.3.20100722-alt2 -> sisyphus: * Mon Sep 27 2010 Anton Farygin <rider@altlinux> 5.3.3.20100722-alt2 - Rebuild with php5-5.3.3.20100722-alt1 - build with libmysqlclient_r (closes: #24142)