Изменился макрос %webserver_webappsdir теперь он содержит /var/www/webapps, а в конфигах апача /var/www/html (в glpi-apache2 и glpi-apache)
Сборки glpi в Сизифе изначально были нацелены на /var/www/webapps И в пакетах glpi-apache и glpi-apache2 нет, и никогда не было, указаний на /var/www/html Возможно Вы сами вносили изменения в файлы конфигурации.
да. видать старые хвосты в системе. на другой машине не воспроизвел