control | grep php php5-cli php5-cli: Error: Cannot read from /etc/php/5.3.3/cli/php.ini (php5-cli: Error: Cannot read from /etc/php/5.3.3/cli/php.ini) И на этом собственное всё. Никакого упоминание о модуле и нету.
control вынесен в отдельный пакет, если он нужен - установите apache2-mod_php5-control в самом php контрол более не поддерживается и реализуется внешними пакетами.
используйте apache2-mod_php5-control