pcmanfm2 при запуске с профилем lxde проверяет наличие файла ~/.config/pcmanfm/lxde.conf и в случае обнаружения перемещает его в ~/.config/pcmanfm/lxde/pcmanfm.conf не глядя на то, что такой файл уже есть (что само по себе, вероятно, тянет на ошибку) Скрипт startlxde при отсутствии ~/.config/pcmanfm/lxde.conf создаёт его из общесистемного. В результате пользовательские настройки всегда перезаписываются системными. Предлагаю в startlxde класть файл сразу в нужное место при его там отсутствии.
lxde-common-0.5.5-alt11 -> sisyphus: * Thu Mar 03 2011 Mykola Grechukh <gns@altlinux> 0.5.5-alt11 - upstream changes merged - fixed handling of pcmanfm config (closes: #24549)