Не думаю, что кто-либо запускает gdb из меню. Новичков же такой пункт меню удивляет.
Для справки: запись в меню для gdb была добавлена более 9 лет назад.
Согласно пожеланию repocop'а я добавляю категории Debugger и ConsoleOnly. Убирать desktop-файл совсем я не буду: если в каком-то продукте в меню не должны быть видны приложения, запускаемые в терминале, то просто не надо их там показывать.