file /usr/share/doc/lapack-3.1/LICENSE from install of liblapack-3.3.1-alt1 conflicts with file from package liblapack3-3.3.0-alt5.2 file /usr/share/doc/lapack-3.1/README from install of liblapack-3.3.1-alt1 conflicts with file from package liblapack3-3.3.0-alt5.2
Нужно сделать apt-get dist-upgrade. Или напрямую apt-get remove liblapack3 (его в сизифе нет, ибо не нужен).
Именно dist-upgrade я и делал. И dist-upgrade должен работать, если он обламывается и для обновления нужно предпринимать какие-то ручные действия - это неправильно. А ошибка возникла из-за того, что liblapack конфликтует со старым liblapack3 по файлам, но при этом не вытесняет его. Очевидно, забыт Obsoletes на старый пакет.
lapack-1:3.3.1-alt2 -> sisyphus: * Wed May 04 2011 Eugeny A. Rostovtsev (REAL) <real at altlinux> 1:3.3.1-alt2 - Fixed for dist-upgrade (ALT #25561)