При стабилизации ветки 1.3.х много чего поменялось.
Работа по выяснению идет.
Приложите, пожалуйста, ваш winoptions или дифф со стандартным,
желательно с комментарием, что хотелось-бы получить и что в наличии.

На мейнтейнера.

Created attachment 4972 [details]
winoptions для icewm

Содержимое файла $HOME/.icewm/winoptions

Системный /etc/X11/icewm/winoptions не изменял.
Пробовал туда помещать содержимое из $HOME/.icewm/winoptions - все равно игнорируется.

Дотянулись руки потрогать...
Обрабатывается $HOME/.icewm/winoptions, однако.
По крайней мере, смена пиктограмм и размножение приложения по workspace'ам
(приложение.allWorkspaces: 1) работают.
Может быть, у каких-либо параметров синтаксис поменялся...
Хотелось бы более подробного комментария показанного winoptions.

Вроде бы файлы конфигурации подхватываются...
#cat .xsession-errors:0 | grep icewm | tail -3
icewmbg: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
IceWM: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
icewmtray: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
...но не оказывают влияния на конфигурацию.

>UXTerm.icon: /usr/share/X11/icewm/icons/xterm_32x32.xpm
Иконка для xterm

>Deluge.icon: /usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/deluge.png
Иконка для deluge

Для XConsole
>XConsole.workspace: 7
Выводить всегда на рабочем столе 7
>XConsole.ignoreWinList: 1
Не выводить в список окон
>XConsole.ignoreTaskBar: 1
Не выводить окно на панель задач
>XConsole.ignoreQuickSwitch: 1
Игнорировать быстрое переключение (не помню, что это такое...)
>XConsole.tray: Exclusive
Исключить окно из трея
>XConsole.fMinimize: 0
Запретить минимизацию окна
>XConsole.fMove: 0
Запретить перемещение окна
>XConsole.fResize: 0
Запретить изменение размера окна
>XConsole.fClose: 0
Запретить закрытие окна
>XConsole.dTitleBar: 0
Убрать заголовок окна
>XConsole.layer: Below
Открывать окно на самом нижнем слое
>XConsole.startMaximized: 1
Открывать окно в максимизированном состоянии

>Thunderbird-bin.tray: Minimized
>#Thunderbird-bin.startMinimized: 1
Выводить окно в минимизированном состоянии (не помню, что это такое...)

>kdict.tray: Minimized
Выводить окно в минимизированном состоянии (не помню, что это такое...)

(В ответ на комментарий №6)
> Вроде бы файлы конфигурации подхватываются...

подхватываются

> #cat .xsession-errors:0 | grep icewm | tail -3
> icewmbg: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
> IceWM: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
> icewmtray: using /home/dmitry/.icewm for private configuration files
> ...но не оказывают влияния на конфигурацию.

оказывают

> 
> >UXTerm.icon: /usr/share/X11/icewm/icons/xterm_32x32.xpm
> Иконка для xterm  - работает
> 
> >Deluge.icon: /usr/share/icons/hicolor/32x32/apps/deluge.png
> Иконка для deluge
> 
> Для XConsole
> >XConsole.workspace: 7  -работает
> Выводить всегда на рабочем столе 7
> >XConsole.ignoreWinList: 1  - deprecated
> Не выводить в список окон
> >XConsole.ignoreTaskBar: 1  - работает
> Не выводить окно на панель задач
> >XConsole.ignoreQuickSwitch: 1  -работает
> Игнорировать быстрое переключение (не помню, что это такое...)
> >XConsole.tray: Exclusive  -работает

Пожалуйста, убедитесь сами. Возможно, у Вас не работает из-за заглавных
букв в имени приложения.
Дальше проверять не стал.

> Исключить окно из трея
> >XConsole.fMinimize: 0
> Запретить минимизацию окна
> >XConsole.fMove: 0
> Запретить перемещение окна
> >XConsole.fResize: 0
> Запретить изменение размера окна
> >XConsole.fClose: 0
> Запретить закрытие окна
> >XConsole.dTitleBar: 0
> Убрать заголовок окна
> >XConsole.layer: Below
> Открывать окно на самом нижнем слое
> >XConsole.startMaximized: 1
> Открывать окно в максимизированном состоянии
> 
> >Thunderbird-bin.tray: Minimized
> >#Thunderbird-bin.startMinimized: 1
> Выводить окно в минимизированном состоянии (не помню, что это такое...)
> 
> >kdict.tray: Minimized
> Выводить окно в минимизированном состоянии (не помню, что это такое...)

Поменял XConsole на xconsole и все заработало, кроме ignoreQuickSwitch.

PS. В 1.2.38pre1-alt1 все это работало.

(В ответ на комментарий №8)
> Поменял XConsole на xconsole и все заработало, кроме ignoreQuickSwitch.
> 
Оно перестает переключаться по alt+tab. УМВР.

> PS. В 1.2.38pre1-alt1 все это работало.

Возможно, сменили для повышения надежности или дисциплины пользователя.
Кто знает?..