Для kernel-image-std-def-2.6.39-alt3 платформы x86_64 отсутствует модуль subfs - пакет kernel-modules-subfs. Данный пакет существует только для ядра kernel-image-std-def-2.6.38-alt8.1. Кстати, для kernel-image-un-def-2.6.39 тоже нет модуля subfs.
Начиная с ядра 2.6.39 больше нет BKL (big kernel loop), который необходим для subfs. subfs, в свою очередь, давно уже не развивается.