исполняемый файл устанавливается в папку /usr/lib/kde3/bin
Так и задумано: приложения KDE3 доступны из меню запущенного сеанса KDE3 (тчобы избежать дублирования в KDE4). Если хотите в KDE4 использовать Kaffeine, установите пакет kde4-kaffeine.