Параметр -t больше не работает с новым notification-daemon 0.7.2 Возможно, обновление пакета до новой версии исправит ситуацию. На Git доступна версия 0.7.4
В новом notify-send (libnotify) нет никаких изменений на этот счёт. Параметр timeout игнорируется notification-daemon - перевешиваю багу на него. Рецепт для лечения известен - https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=658189
notification-daemon-0.7.2-alt2 -> sisyphus: * Thu Oct 13 2011 Yuri N. Sedunov <aris@altlinux> 0.7.2-alt2 - applied patch for https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=658189, probably fixed (ALT #26437)