Настройки -> Модули -> Уведомление -> Всплывающее окно -> Разрешить всплывающее окно, галочка установлена. Какое-то время назад всплывающее окно появлялось, сейчас не появляется. К сожалению, не могу уже отследить, после какого именно обновления это произошло.
ps ax | egrep 'notification-daemon|xfce4-notifyd'
Да, спасибо, всё работает. Там голый window manager, он сам запустить notification-daemon не догадался.
