При обновлении p5 до p6 (sympli) старая версия thunar ну удаляется, а новая не может поставиться. Приходится делать это в ручную.
Обновление simply с p5 на p6 не предполагалось. Данная ошибка возникает при обновлении старого Thunar на новый, т.к. rpm автоматически не может обработать ошибку. При обновлении с Thunar из p6 на более новый, данной ошибки больше не будет.