Если запомнить пароль root для apt-indicator то пользователь может не только обновлять но и сам устанавливать или удалять пакеты. Для этого выбирает Настройка репозитариев потом нажимает отмена и у него synaptic. Будет ли это исправлено или так и должно быть?
Так и должно быть. Это запланированное поведение gksu/kdesu.
(В ответ на комментарий №1) > Так и должно быть. Это запланированное поведение gksu/kdesu. Очень жаль. Надеюсь что в дальнейшем можно будет отключить переход в synaptic/