В /usr/share/lyx/layouts/gost.inc удалите 16 строку, модуль floatflt.sty доступен только в tetex.
Проверил, работает.
Внёс исправления и проверил работу: * Ср дек 19 2018 Vitaly Lipatov <lav@altlinux.ru> 1.6.0-alt1 - use pdf instead of eps - latest latex fixes - tested with LyX 2.2.3