Баг-репорт в upstream (пример проблемы и исправление): https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=633166 В некоторых случаях подключение текстовых файлов через xinclude выдаёт ошибку "contains invalid char". Ошибка в том, что при чтении буфера порциями по 4000 байт не учитывается попадание части multibyte char на конец порции. Исправление не даёт регрессий в тестах libxml2, предлагаю включить его в сборки ALT.
Мне кажется, это давно исправлено.