Так как нахождение в системе пакета hal сопряжено с постоянными проблемами, и пользоваться этим пакетом не рекомендовано (https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=27564#c4), нужно как-то отвязать alterator-mkbootflash от hal. В нынешнем состоянии пакет не рабочий.
проект alterator-mkbootflash сильно устарел. Теперь всё это делается намного проще - достаточно записать на USB Flash образ CDROM через dd. Впрочем, я до сих пор пользуюсь консольной утилитой mkbootflash, но не пользуюсь модулем альтератор. Если вам действительно очень нужен именно этот модуль, то я готов принять какие-то патчи на него.
так же перешел на консольную утилиту