/usr/bin/startmate переопределяет MOZ_PLUGIN_PATH. В итоге, Firefox не находит плагины. Если закомментировать в startmate строку с переопределением MOZ_PLUGIN_PATH, всё исправляется, FF видит плагины.
mate-session-1.5.0-alt2_1 -> sisyphus: * Tue Nov 27 2012 Igor Vlasenko <viy@altlinux> 1.5.0-alt2_1 - no toying with MOZ_PLUGIN_PATH in startmate (closes: 28134)