голый metacity используется в sugar. Но для нормальной работы голого metacity надо переложить файл /usr/share/glib-2.0/schemas/org.gnome.metacity.gschema.xml из metacity-gnome в собственно metacity. Иначе оно не может зарегистрироваться в dconf и хранит свои настройки в in-memory backend, о чем ругается при каждом запуске.
Также, вохможно, стоило бы добавить зависимость на dconf в metacity. Это на ваше усмотрение.
metacity-2.34.13-alt2 -> sisyphus: * Thu Dec 13 2012 Yuri N. Sedunov <aris@altlinux> 2.34.13-alt2 - no more metacity-gnome subpackage (ALT #28215)