умолчательный стиль doxygen.sty не походит для русского языка: русские ссылки, названия полей классов и т.п. не печатаются в полученном из сгенерованного refman.tex документе. Для решения необходимо в файле doxygen.sty заменить usefont{OT1} на usefont{T2A}
На данный момент (doxygen 1.12.0) достаточно указать в Doxyfile OUTPUT_LANGUAGE = Russian. В этом будет сгенерированна документация на русском языке (служебные строки типа Файлы/Функции/Классы будут локализованы), но и в *.tex применятся правильные шрифты и их кодировки.