Проблема изложена по этой ссылке http://mailman.splintered.net/pipermail/flow-tools/2008-October/003730.html и она действительно проявляется. Причём чем больше компрессия потоков тем больше увеличивается кол-во потерь. Решение проблемы некий патч: http://mailman.splintered.net/pipermail/flow-tools/2008-October/003733.html Соответсnвенно нужно также пересобрать пакет flow-capture
В данный момент у пакета нет мейнтейнера.
* Sun Jun 30 2013 Vitaly Lipatov <lav@altlinux.ru> 0.68-alt7 - fix aligment issue (ALT bug # 28532)