Вопрос юзабилити. Выбор кодировки для отображения файла происходит при его открытии, в диалоге "Файл - Открыть...". Если в одной из вкладок редактора открыт файл, то повторно его открыть через диалог "Файл - Открыть..." нельзя - происходит переход на вкладку, где он уже открыт. Чтобы открыть его в нужной кодировке, нужно закрывать вкладку и открывать файл заново. А других способов поменять отображаемую кодировку найдено не было.
Проблема старинная. По этой ссылке: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=342918 есть патчи для gedit (pluma - форк gedit). Нужно проверять заработают или нет. В апстрим gedit так и не приняли.
Еще такой баг висит
