scim_1.4.9-alt2 не работает в приложениях на GTK3. Согласно http://www.scim-im.org/ портирована на GTK3, начиная с версии 1.4.12. Последняя версия — scim 1.4.14.
1.4.14 ушло в сизиф, доп. пакеты пойдут следом
Поддержка GTK3 есть в сизифе в scim