вещь, которую надо поправить в пакете startup-0.9.8.38-alt1 : при попытке остановить такой mdraid с корнем на /dev/md0p1 не срабатывает условие в rc.d/scripts/raidstop, которое исключает корневой раздел из остановки, и все время выдается, что попытка остановить еще использующийся raid:
[ "/dev/md0" != "/dev/md0p1" ] || continue

поэтому сюда (в т.ч. и в пакет в сизифе?)  тоже требуется патч, мой вариант:

--- /etc/rc.d/scripts/raidstop.orig     2013-05-24 09:51:47.857672726 +0400
+++ /etc/rc.d/scripts/raidstop  2013-05-24 09:52:09.048291225 +0400
@@ -21,5 +21,5 @@

 for mddev in ${mdlist}; do
-       [ "$mddev" != "$rootdev" ] || continue
+       expr match $rootdev $mddev > /dev/null && continue
        action "Turning off RAID for $mddev:" $raidstop "/dev/$mddev"
 done

Предполагаю, что текущее поведение такой патч не изменит.