Теперь приходится всегда снимать комментарий со строчки в конфигурационном файле: ; ALT Linux Specific alt_sapi_config_ini_scan_dir = "/etc/php/5.3/fpm/php.d" Соответственно после dist-upgrade PHP не работает, пока не поправить конфиг. Нужно вернуть умолчания.