Обновил систему с p6-KDE3 до p7-TDE, после первого подключения к wifi выяснилось, что архив подключений wifi и паролей от них пропал - в /etc/NetworkManager/system-connections почти пусто. При обновлении системы с p5-KDE3 до p6-KDE3 всё было в порядке. Проверить воспроизводимость возможным не представляется.
Если не использовался nm-applet, то никакой миграции настроек быть и не должно. В случае nm-applet проблемы с миграцией иногда бывают, см. http://lists.altlinux.org/pipermail/community/2015-January/683403.html и далее по треду.