По скольку есть Bug 6201, наверное, на enca это вешать не стоит... В некоторых случаях enca не угадывает кодировку. Может быть, пробовать подставлять кодировку, которая использовалась для других файлов и каталогов ? В этом случае, очевидно, потребуется интерактивный режим с подтверждением для каждого такого случая.
Возможно, стоит сделать что-то более двухпроходное либо ручку для задания кодировки по умолчанию, а может, брать rcctools (сперва опакетив). Сделаешь? :)
