В связи с тем, что в scalable лежат PNG 128x128 пикселов, в Qt-шных приложениях они отрисовываются в этом размере. Преобразование в SVG в том же каталоге решает проблему.
Достаточно удалить каталог scalable и его упоминание из index.theme .
icon-theme-simple-sl-2.7-alt2 -> sisyphus: * Mon May 23 2016 Andrey Cherepanov <cas@altlinux> 2.7-alt2 - Resize icons from scalable to fixed size (ALT #30292) - Copy original small icons from source themes - Reduce theme size by using symlinks
