Подкаталог /usr/share/xml/docbook/dtd/4.5/ent не является одинаковым для разных версий docbook-xml, следовательно его необходимо паковать свой для каждой версии.
entities стандартные, одинаковые для всех.
Неправда. В /usr/share/xml/docbook/dtd/4.3/dbcentx.mod желают ent/iso-tech.ent, а в /usr/share/xml/docbook/dtd/4.5/dbcentx.mod желают ent/isotech.ent. Или я не захакал xml-common, а исправил?
Посмотрел -- в содержимом разницы не видно. Тогда восмотрите в xml-common. Я там не доделал все места, где идут перечисления. Если это важно.
В xml-common надо было лишь оставить старые имена iso-*.ent поставив симлинки на новые iso*.ent (без "-" в имени). Будут счастливы все, в том числе и старые версии докбук. Вопрос закрыт.
Как скажешь.