Скрипт запуска /etc/rc.d/init.d/bird для bird6 ищет конфигурационны файл /etc/bird-6.conf, в то время как бинаркин ищего его как /etc/bird6.conf. То есть демон bird6 не запускается при при старте системы в любом случае. Надо подправить скрипт запуска.
исправлено в Sisyphus.