http://git.altlinux.org/srpms/b/batik.git?p=batik.git;a=blob;f=batik.spec;h=fdecf18461b116cf505037923722e04b706630eb;hb=HEAD#l412 При установке с помощью rpm-4.0.4 это не вызывает проблем, потому что пакет batik содержит все файлы, которые содержат его подпакеты. Но rpm-4.13 не считает нужным устанавливать уже существующий каталог: error: unpacking of archive failed on file /usr/share/java/batik/batik-anim.jar;58364feb: cpio: open error: batik-0:1.8-alt2_2jpp8.noarch: install failed Поведение нового rpm кажется более правильным.
batik-0:1.8-alt3_6jpp8 -> sisyphus: * Wed Nov 30 2016 Igor Vlasenko <viy@altlinux> 0:1.8-alt3_6jpp8 -dropped deprecated upgrade hack (closes: #32819)