Во избежание различных неприятностей, начиная с bug 33569, хорошо бы в порождаемых alien спеках исключать %dir "/", %dir "/usr" и подобное. Возможно, в качестве крайней меры просто все %dir без %attr, если они вообще там бывают.
Рекомендую использовать epm repack, там ситуация с такими каталогами (не только для deb, но и для rpm) обходится: * Пн авг 24 2020 Vitaly Lipatov <lav@altlinux.ru> 3.2.5-alt1 - epm-repack: always use anypackage to rpm function for deb->rpm conversion - epm-repack: drop dir "/" and other root dir paths from a file list