libva-1.8.3-alt1.S1 требует glibc-kernheaders-generic, который не ставится одновременно с glibc-kernheaders # apt-get install glibc-kernheaders-generic ... Следующие пакеты имеют неудовлетворенные зависимости: glibc-kernheaders-generic: Конфликтует: glibc-kernheaders (< 4.12)
Извините, в дополнительном репозитории оказался старый glibc-kernheaders, который не захотел обновляться.