Установлен:

# rpm -q openntpd
openntpd-3.9p1-alt12.i586

У нового клиента

# apt-cache show freeipa-client | grep '^Pack\|^Vers'
Package: freeipa-client
Version: 4.6.1-alt1.S1

ntp в зависимостях

# apt-cache depends freeipa-client | grep ntp
  Depends: ntp

И новый freeipa-client влетающий при dist-upgrade выносит из системы openntpd.

Удалил старый freeipa-client, у которого в зависимостях openntpd, чтобы не ставить его в Hold или если в Hold не стоит, при dist-upgrade новая версия у которой ntp в зависимостях, не выносила openntpd из системы:

# less /var/log/user/info.1.xz | grep ' freeipa' | awk '{$4=""; print $0}'
Dec 10 01:10:17  apt-get: freeipa-client-4.4.4-alt4.S1 1507616786 removed
Dec 10 01:10:17  apt-get: freeipa-client-common-4.4.4-alt4.S1 1507616786 removed
Dec 10 01:10:19  apt-get: freeipa-common-4.4.4-alt4.S1 1507616786 removed