Не отрабатываются правила из /etc/binfmt.d если / и /usr на разных разделах. systemd-binfmt.service пытается отработать до завершения монтирования всех локальных ФС. Для себя решил проблему добавлением local-fs.target в "After" файла /lib/systemd/system/systemd-binfmt.service
Странно, а разве конфиги лежат в /usr ?
В моем случае в /usr оказался /usr/bin/qemu-aarch64.static
у нас binfmt.d в /etc и в /lib, специально что бы /usr мог быть на отдельном разделе. С /usr никто не обещал подгружать binfmt.d.