В /etc/my.cnf.server/chroot.cnf есть вот такое: [client] loose-chroot = /var/lib/mysql Клиент mysql пишет, что это unknown variable.
Параметр задан, чтобы проинформировать mysql-upgrade о полном пути к рабочей директории при работе mysqld в chroot-окружении (чинит https://bugzilla.altlinux.org/show_bug.cgi?id=31283). Префикс "loose-" используется разработчиками mysql для обеспечения обратной совместимости и позволяет выдавать предупреждение вместо критической ошибки, если в конфигурационном файле программа встретила "unknown variable". Для mysql-клиента это действительно незнакомый параметр, но это никак не влияет на его работоспособность. Подробнее смотрите: https://bugs.mysql.com/bug.php?id=90380
это не ошибка. Данное поведение так и задумано.