Установил owncloud9-nginx-9.1.6-alt3 и пришлось дополнительно устанавливать php5-fpm-fcgi при том, что этот пакет необходим для работы owncloud с nginx Сам бы поправил, да пока нет времени.
https://www.altlinux.org/OwnCloud9#.D0.9D.D0.B0.D1.81.D1.82.D1.80.D0.BE.D0.B9.D0.BA.D0.B0_.D1.81_.D0.B8.D1.81.D0.BF.D0.BE.D0.BB.D1.8C.D0.B7.D0.BE.D0.B2.D0.B0.D0.BD.D0.B8.D0.B5.D0.BC_web-.D1.81.D0.B5.D1.80.D0.B2.D0.B5.D1.80.D0.B0_nginx пункт 2: "Так как php5-fpm-fcgi не обязан быть на той же машине, что и nginx, пункты 3-5 необходимы только в случае связки nginx+PHP-FPM на одном и том же хосте. В противном случае нужно изменить php-handler в /etc/nginx/sites-available.d/owncloud9.conf на необходимый."