Система-Параметры-Оформление-Главное меню. При нажатии на чекбокс из списка "Элементы:Показать" все содержимое меню "Приложения" пропадает. Работает не на всем. В данном случае под Wine был установлен Radmin Viewer 3.5.1. Отключал видимость "Прочие"-"Справка" и "Удалить". Меню восстанавливается при удалении файлов из "~/.config/menus" (каталоги не трогал). Воспроизводимость ситуации 100% у меня.
Дополнение: "Восстановить" не срабатывает.
Я не вижу проблем в редакторе меню с приложениями из состава дистрибутива на Alt Workstation 9.0 beta1. Если есть проблемы с другими приложениями, то открывайте баг на mate-menu-editor.
