Осталось понять, как.

make  all-recursive
Making all in libltdl
make[2]: Entering directory '/usr/src/RPM/BUILD/graphviz-2.40.1/libltdl'
(CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd . && /bin/sh /usr/src/RPM/BUILD/graphviz-2.40.1/config/missing autoheader)
rm -f stamp-h1
touch config-h.in
touch: cannot touch 'config-h.in': Permission denied
make[2]: *** [Makefile:570: config-h.in] Error 1
make[2]: Leaving directory '/usr/src/RPM/BUILD/graphviz-2.40.1/libltdl'
make[1]: *** [Makefile:831: all-recursive] Error 1

Там бы, кстати, ещё вот это как минимум приложить, когда засобирается:
https://src.fedoraproject.org/rpms/graphviz/raw/master/f/graphviz-2.40.1-CVE-2018-10196.patch

(В ответ на комментарий №1)
> Осталось понять, как.
> 
> make  all-recursive
> Making all in libltdl
> make[2]: Entering directory '/usr/src/RPM/BUILD/graphviz-2.40.1/libltdl'
А не надо libltdl собирать внутри graphviz?

(In reply to comment #2)
> (В ответ на комментарий №1)
> > Осталось понять, как.
> > 
> > make  all-recursive
> > Making all in libltdl
> > make[2]: Entering directory '/usr/src/RPM/BUILD/graphviz-2.40.1/libltdl'
> А не надо libltdl собирать внутри graphviz?

Почему нет?
Соберете?

(В ответ на комментарий №3)
...
> Почему нет?
> Соберете?

227247 POSTPONED #1 [test-only] sisyphus graphviz.git=2.40.1-alt6
...
Ждём пересборки python:
2019-Apr-16 18:15:37 :: following just built binary packages affect protected task #225625:
graphviz libgraphviz libgraphviz-devel

graphviz-2.40.1-alt6 -> sisyphus:

Tue Apr 16 2019 Vitaly Lipatov <lav@altlinux.ru> 2.40.1-alt6
- add desktop file for dot -Txlib (ALT bug 27583)
- remove obsoleted linking patch

Tue Apr 16 2019 Vitaly Lipatov <lav@altlinux.ru> 2.40.1-alt5
- build without internal libltdl (ALT bug 36596)
- applied patches from Fedora
- CVE-2018-10196

Спасибо!