После обновления пакетов systemd default.target перелинковывается в graphical.target, даже если указывал на другой target. Нужно, чтобы сохранялся симлинк на тот target, что уже был установлен до обновления.
Как выяснил, это не баг. Не трогайте ничего в /lib/systemd. Там ничего не помечено как config(noreplace). Делайте все изменения в /etc/systemd, это место предназначено для админов.
