Сейчас репозиторий создаётся только для новых пакетов, но иногда случается так, что apt использует данные из текущего полного репозитория ветки и ментейнер/тестировщик не видят проблем обновления, которые могут возникнуть после удаления или замены пакетов репозитория.

Плюс сборка задания быстро отстаёт от родительского репозитория и проверка совместной работы тестового задания и родительского репозитория может стать неконсистентной.

Эта ошибка о том, что нужно подумать, как создавать такой репозиторий и как автоматически передвигать/пересобирать его состояние на более новое состояние родительского репозитория.

Возможно, здесь две раздельных задачи - полный репозиторий и пересборка тестового задания при обновлении родительского репозитория.