Версия 2.7.2 Ostrava (build 1954)
Обратил внимание, что на официальном сайте есть версия 2.8.

Когда GanttProject предлагает сохранять файлы, в меню Save предлагается только такой тип файлов
Files of Tyle: GanttProject files (.gan, .xml)

Файлы сохраняются с расширением .gan.

Но это расширение не привязано к GanttProject, файлы .gan открываются как обычные XML.

Существуют обновлённые файлы 

https://github.com/bardsoftware/ganttproject/blob/master/package/linux/GanttProject.desktop
...
MimeType=application/x-ganttproject;
...

https://github.com/bardsoftware/ganttproject/blob/master/ganttproject-builder/deb/usr/share/mime/packages/ganttproject.xml
...
<mime-type type="application/x-ganttproject">
...
<glob pattern="*.gan" />
...