При попытке сравнить три файла выводит сообщение об ошибке Severe internal error Data loss error: If it is reproducible please contact the author. Файлы могут быть любыми, достаточно, чтобы первый хоть чем-то отличался от третьего
Репорт 2020 года по kdiff3 1.8.x. В Сизифе kdiff3 1.12.4, код трёхстороннего сравнения с тех пор существенно переписан апстримом. Если воспроизводится на актуальной версии — переоткройте с примером файлов.