У graphviz все плагины находятся в /usr/lib64/graphviz/libgvplugin_название и упакованы в общий каталог. Если некоторые плагины вынести, можно убрать gtk+ из базовых зависимостей.
Эк ты разошёлся ;-) Ну сделай, пока жар в топке.
