Например, пакет mono-core утверждает, что он предоставляет метапакет mono(System.Web), хотя он эту сборку не предоставляет. Из-за этого метапакеты не работают, т.к. их все удовлетворяет mono-core.
Так получилось из-за того, что в mono-core попали api сборки. Это сборки в папках /usr/lib/mono/4.0-api 4.5-api 4.6-api. Это сборки-залушки, в которых объявлены интерфейсы фреймворка соотв. версии, они используются компилятором при компиляции кода для указанной версии фреймворка, компилятор использует сборки из соотв. папки и проверяет, правильно ли компилируемый код вызывает объявленные методы и не вызывает ли чего лишнего. Реальные сборки лежат в /usr/lib/mono/gac, /usr/lib/mono/4.5, а api сборки не должны попадать в секцию provides, аналогично для пакета mono-devel.
Сборки в /usr/lib/mono/4.5/Facades - сложный случай, с одной стороны это тоже пустышки, с другой они предоставляют функционал старых версий фреймворка и их нет в папке 4.5, с третьей стороны туда попала сборка /usr/lib/mono/4.5/Facades/System.ServiceModel.NetTcp.dll, которая перенаправляет в System.ServiceModel.dll и без пакета mono-wcf работать не будет.