dos2unix считает FF концом файла, что делает утилиту абсолютно неприменимой для работы с файлами в кодировках KOI8-R и CP1251 т.к. в этих кодировках FF есть русские "Ъ" и "я" соответственно.
Можно примерчик файла? И проверьте пожалуйста на 0.9.1
С 0.9.1 всё заботает отлично.
Клево!