%__python3_tooldir указывает на %python3_libdir/Tools, на целевой x86_64 машине это /usr/lib/python3.5/Tools/ но python3-tools кладет свои файлы в /usr/lib64/python3.5/Tools/ таким образом, либо макрос неверный, либо python3-tools кладет не туда, но результат один -использовать %__python3_tooldir невозможно.
Ну как бы на x86_64 libdir должен быть в /usr/lib64. Там всё на этом завязано. Переходите на поддерживаемый бранч p9, там и python посвежее.